1離線質(zhì)粒設(shè)計(jì)軟件

（1）作為專業(yè)的質(zhì)粒設(shè)計(jì)軟件，它對(duì)質(zhì)粒和雜交探針具有非常強(qiáng)大的搜索功能，可以分析質(zhì)粒錯(cuò)配、二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)。 使用方便、速度快，應(yīng)該是目前使用最廣泛的質(zhì)粒設(shè)計(jì)軟件。 已經(jīng)更新到0.25版本，比新版本更容易使用。

（2）與Oligo相比，它是更專業(yè)的軟件，具有更強(qiáng)大的質(zhì)粒分析功能。 Oligo軟件的運(yùn)行是基于java環(huán)境的，因此安裝前必須在計(jì)算機(jī)上安裝Java環(huán)境。

（3）BioXM是一款非常簡(jiǎn)單明了的分子生物學(xué)軟件，具有非常友好的英文操作界面。 不僅用于質(zhì)粒設(shè)計(jì)，還用于序列比較和限制性位點(diǎn)鑒定。

2在線質(zhì)粒設(shè)計(jì)工具

(1) 在線網(wǎng)址： 。 界面簡(jiǎn)潔dnastar序列比對(duì)，可設(shè)置項(xiàng)目較多。 特別適合復(fù)雜質(zhì)粒的設(shè)計(jì)。

(2) NCBI 爆炸。 網(wǎng)址：工具。 作為結(jié)合BLAST的質(zhì)粒篩選平臺(tái)，除了篩選質(zhì)粒外，能夠?qū)|(zhì)粒的特異性做出直觀的判斷是非常重要的。

3 多序列比對(duì)分析軟件

多重序列比對(duì)于分析基因的保守區(qū)域和理解基因序列的相似性關(guān)系具有重要作用。 目前常用的多序列比對(duì)工具包括：MEGA、、等軟件。 其中，速度較快，可以直接建立進(jìn)化樹。

4綜合分析軟件

目前有很多功能強(qiáng)大的生物軟件，具有豐富的質(zhì)粒設(shè)計(jì)、基因序列比對(duì)、引物圖譜繪制等功能，甚至實(shí)現(xiàn)了一款軟件同時(shí)分析DNA、RNA和蛋白質(zhì)的功能。 目前常用的此類軟件有：、、、、等。

（1）是一款高度集成的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，可以執(zhí)行：多重序列比對(duì)、PCR質(zhì)粒設(shè)計(jì)、限制性內(nèi)切酶分析、蛋白質(zhì)分析、質(zhì)粒繪制等。

（2）作為一款知名軟件，你能想到的大部分需求，比如：序列比對(duì)分析、測(cè)序組裝分析、虛擬克隆、引物設(shè)計(jì)、蛋白質(zhì)注釋、系統(tǒng)發(fā)育等，都可以通過(guò)這個(gè)軟件實(shí)現(xiàn)。

（3）與NTI類似dnastar序列比對(duì)，它不僅具有豐富的核苷酸和蛋白質(zhì)分析功能，而且您還可以編寫自己的腳本并通過(guò)應(yīng)用程序套接字功能集成平臺(tái)。

(4)是一款優(yōu)秀的DNA序列分析軟件。 不僅可以用于質(zhì)粒設(shè)計(jì)、序列比對(duì)，還可以展示引物裝置，是基因克隆的好幫手。

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