前面寫的廢話

我可能不適合科學(xué)研究，因?yàn)槲铱偸菗?dān)心一些“不必要”的事情~

當(dāng)我第一次接觸二代測序時(shí)，我和Jimmy一起開始了RNA-seq。 當(dāng)時(shí)使用的對比工具是。當(dāng)時(shí)我并沒有多想為什么要用這個(gè)工具。 如果你說你應(yīng)該使用它，我就會使用它。 所以它現(xiàn)在已經(jīng)成為我最喜歡的比較工具。

然而，由于我需要處理不同的數(shù)據(jù)，我發(fā)現(xiàn)它已經(jīng)不能滿足我的要求了。 我似乎需要考慮其他工具，但我不知道從哪里開始。 我不知道哪個(gè)工具更適合我。 于是一場不考慮生物學(xué)意義而只考慮工具特性的戰(zhàn)斗開始了……

看連續(xù)劇的時(shí)間太長了。 廢話系列太多了。

雖然我總是說這是一個(gè)充滿廢話的系列，但我真的希望你認(rèn)真看看這一部分。 畢竟我的能力有限，短短幾句話很難聽懂我想表達(dá)的意思，除非我寫文言文……

DNA測序&RNA測序

搜索了各種帖子后發(fā)現(xiàn)，在比較比對工具時(shí)，大家喜歡將其分為DNA比對工具（DNA-seq）和RNA比對工具（RNA-seq）。 如果你仔細(xì)想一想，你會發(fā)現(xiàn)它們之間唯一的區(qū)別是是否會考慮跨外顯子比對（即是否將未比對的reads進(jìn)行分割，并將分割后的兩個(gè)部分再次進(jìn)行比較）。

現(xiàn)在隨著各種seq的出現(xiàn)，我們不能再簡單地根據(jù)是比較DNA還是RNA來判斷工具的選擇，而是要判斷reads的比較是否需要跨越外顯子。 例如，PRO-seq/GRO-seq在建庫時(shí)捕獲RNA，但它們不需要考慮跨外顯子比對。

說了這么多廢話，我們來簡單總結(jié)一下常用的各類工具有哪些：

以上都是我用過的。 那些我沒用過的對我來說并不常用，所以我不會在這里比較它們。

&

它出現(xiàn)在遠(yuǎn)古時(shí)代（意思是很久以前）。 當(dāng)時(shí)測序行業(yè)發(fā)展尚未成熟，序列長度普遍在50bp以下。 因此，它似乎滿足長度低于50 bp的reads的比較。 官方表示，它可以快速將短DNA序列（35bp）與人類基因組進(jìn)行比對。

而它的出現(xiàn)彌補(bǔ)了它的不足。 它擅長比較長度為 50-100bp 的讀數(shù)，甚至長度可達(dá) 。 它適合比較相對較長的基因組，例如哺乳動物基因組。

結(jié)論： 和 ，是兩種不同類型的比較工具，而不是 的升級。 尺子有長有短，適合長度50b以內(nèi)的reads比較，適合50-100b，甚至更長的reads比較。但這兩個(gè)都是DNA-seq比對工具

和

/工具本身不能進(jìn)行比較，它是通過調(diào)用/進(jìn)行比較的。 強(qiáng)調(diào)一下，它不是原版的升級版，而是原版的升級版。 所以只能調(diào)用，而不僅僅是（默認(rèn)）而且還可以更改設(shè)置調(diào)用。

在 /call/ 之后，序列將首先使用 / 進(jìn)行對齊。 對于那些未對齊的，將考慮跨越外顯子的可能性，并且讀取將被拆分并重新對齊。

如果你去 // 的官網(wǎng)仔細(xì)觀察，你會發(fā)現(xiàn)每個(gè)都有自己的官網(wǎng)和自己的介紹。 托哈特則不同。 它只有一個(gè)版本。 它于2012年4月9日才發(fā)布2.0.0版本，宣布支持比較。 而我們通常也稱之為支持版本。

另外，如果你夠無聊，上下滾動他們的主頁，你會發(fā)現(xiàn)2019年還有更新。但是2016年2月就停止更新了……為什么？請看下面的部分

原作者不知道為什么停止更新，而是開發(fā)了一個(gè)新的比較工具。 他們甚至向人們推薦它，聲稱它速度更快、內(nèi)存占用更小、準(zhǔn)確性更高。 。

此外，它不僅支持RNA-seq比對，還支持DNA-seq比對。 您唯一需要做的就是添加一個(gè)參數(shù) --no--。 但目前，大多數(shù)人用它來進(jìn)行 RNA-seq，沒有人用它來進(jìn)行 DNA-seq。

世界銀行

其實(shí)沒什么好說的。 這是我知道的最早的比對工具，是DNA-seq比對工具。 大多數(shù)進(jìn)行全基因組或全基因組比較的人似乎都使用 BWA。 當(dāng)時(shí)我本科的時(shí)候有一門課叫計(jì)算生物學(xué)。 我在學(xué)習(xí)BWT算法時(shí)，經(jīng)常把算法的名字和比較工具的名字搞混了。

值得一提的是，這個(gè)工具是李恒開發(fā)的。 如果你不認(rèn)識李衡，你至少應(yīng)該認(rèn)識這個(gè)工具。 這東西也是李衡開發(fā)的。 一個(gè)強(qiáng)大到可怕的男人……

星星

第一次聽到這個(gè)工具的名字是在我研究的第一年，確實(shí)有點(diǎn)無知。 當(dāng)時(shí)我以為這是一個(gè)小眾的野雞工具，后來發(fā)現(xiàn)身邊很多人都在用這個(gè)工具，于是我就出于好奇在網(wǎng)上搜索了有關(guān)它的資料。

如果你不搜索，你不會知道。 如果你搜索一下，你會感到震驚。 哇，皇室用的RNA-seq比對工具太好吃了……

幾種RNA-seq工具的比較

或許是因?yàn)镽NA-seq分析比較流行，大多數(shù)比對工具都是利用RNA-seq的效率來進(jìn)行比對。

《Into the by a Broad-RNA-seq》這篇文章堪稱史上最全面的RNA-seq綜述。 比較了 RNA-seq 的各個(gè)方面。 因?yàn)樘媪耍悬c(diǎn)亂，所以只關(guān)注了一些我感興趣的地方。

STAR和STAR對于我們來說都有很大的優(yōu)勢，更何況Toph不會再更新了，這更是我們不再使用它的理由。 至于他的準(zhǔn)確率是最高的，但是他的靈敏度比較低。 STAR 更敏感dnastar序列比對，但會有許多包含軟剪輯的低質(zhì)量比對。 此外dnastar序列比對，STAR的比例最高。 它會匹配或丟棄所有雙端測序讀段，并且不僅會匹配某個(gè)讀段，例如

最后這篇文章還給出了一種自己認(rèn)為比較好的RN-seq組合方法：

之前的龍星課程給出了RNA-seq的另一種組合方法：SATR+RSEM，其中STAR既可以用于比較，也可以用于定量（計(jì)數(shù)）

選擇哪種組合取決于您的習(xí)慣、視力和心情......

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