之前在《》文章中，我給大家介紹了一個好用的在線蛋白質(zhì)序列展示工具，它可以在展示蛋白質(zhì)序列的同時，展示蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)。 如果它是核酸序列或沒有可用的二級結(jié)構(gòu)文件怎么辦？ 今天給大家介紹一下如何使用軟件導(dǎo)出序列比對圖像。

序列加載和對齊

它可用于進行核酸和蛋白質(zhì)的多重序列比較。 為了便于比較，本文中用于比較的序列均與“”相同。

首先，將要比較的序列加載到不同通道中。 本文一次將最后一個“l(fā)ala.aln”文件中的多個序列加載到多個通道中。 方法如下圖所示（當然也可以將各個序列文件逐個加載到通道中）。 注意，打開的文件格式應(yīng)改為“所有文件”，點擊“否”將加載蛋白質(zhì)序列。

接下來，對導(dǎo)入的序列進行多序列比對。 方法如下圖所示。 所有參數(shù)保持默認dnastar序列比對，然后單擊“下一步”。

對比后最終結(jié)果如下圖所示：

陰影調(diào)整

接下來，自定義每行序列顯示的“字母”數(shù)量和著色方案。 點擊進入調(diào)整面板，在這里可以調(diào)整每行序列中顯示的“字母”數(shù)量（下圖中粉色線框），還可以更改字體。 本文保留默認值，每行顯示 40 個氨基酸殘基。

下面，根據(jù)序列相似性級別為序列著色。 點擊“色塊”進入自定義顏色窗口。 這里我選擇了類似的更亮更亮的顏色。 當然，您也可以添加并使用您喜歡的顏色，如下所示。

圖片導(dǎo)出

更改顏色后，就可以導(dǎo)出圖像了。 導(dǎo)出圖像有兩種方式，見下圖，但只能導(dǎo)出emf格式的矢量圖像。

關(guān)于emf格式，在《》一文中專門做了介紹。 emf格式可以直接在Word和PPT中使用。 以下是導(dǎo)出的序列圖在PPT中的顯示效果（裁剪后）：

概括

它可用于顯示核酸和蛋白質(zhì)序列比較。 雖然顯示效果不是很好看，但是通過改變字體和顏色也可以輸出高質(zhì)量的序列圖像。 另外，《》中還提到使用（PPT）轉(zhuǎn)換emf圖像格式，但是PPT保存的JPG格式圖像質(zhì)量不好，所以建議將整個幻燈片保存為PDF。 （AI）并可以打開和編輯emf圖片。 就這張圖來說dnastar序列比對，效果不是很好。

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