基于NGS檢測方法

融合檢測軟件總結(jié)

基于NGS的基因融合檢測方法

基于NGS方法的基因融合鑒定技術(shù)主要有兩種，1.基于DNA水平的融合檢測dnastar序列比對，如全基因組測序數(shù)據(jù)（whole-測序數(shù)據(jù)（WGS）），2.基于DNA水平的融合檢測在RNA水平上，如轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)（RNA-seq），3種或兩種技術(shù)的結(jié)合效果更好。

基于DNA水平的融合檢測

DNA測序還可以檢測融合基因。 融合基因是結(jié)構(gòu)變異（SV）的一種。 利用DNA測序分析融合基因的策略主要包括：

① 雙端序列配對法（pair-end）

利用DNA測序分析融合基因的策略主要包括：雙端序列配對法（pair-end）。 該方法的總體思路是首先將雙端序列與基因組進(jìn)行比對，然后評估雙端序列的距離和方向是否一致。 數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建信息一致。

②分讀法

第一步，獲得與基因組比對的唯一單端序列，將序列中無法比對的部分剪掉，然后重新比對，最終得到比對位置和比對方向。

海莉·J 和埃里克. 來自下一個(gè)數(shù)據(jù)的 DNA：a of . 熱內(nèi)特. 2013, 206(12): 432-440。

基于全基因組測序鑒定出的基因融合的優(yōu)勢基本上可以確定是由基因組水平上的某種突變引起的。 其缺點(diǎn)是無法準(zhǔn)確判斷融合后產(chǎn)生的新基因能否表達(dá)或表達(dá)水平。

在RNA水平上，融合基因表現(xiàn)為前后兩個(gè)基因外顯子之間的連接，融合點(diǎn)相對固定。 在DNA水平上，融合斷點(diǎn)通常發(fā)生在較長的內(nèi)含子區(qū)域，這不可避免地具有以下局限性和挑戰(zhàn)：

1）融合基因檢測必須覆蓋很長的包含大量重復(fù)序列的內(nèi)含子區(qū)域，才能準(zhǔn)確找到融合斷點(diǎn)；

2）GC含量高不利于探針有效捕獲目標(biāo)區(qū)域的片段；

3）不同基因的內(nèi)含子含有非常相似的重復(fù)序列。 該特性不利于準(zhǔn)確的序列比對，影響檢測精度；

4）復(fù)雜的轉(zhuǎn)錄或轉(zhuǎn)錄后剪接過程可能會(huì)影響基因融合。 因此dnastar序列比對，不難理解，在RNA水平上檢測融合基因是相對高效和準(zhǔn)確的。

基于RNA水平的融合檢測

通過RNA測序檢測融合基因主要有兩種分析策略：

① 基于序列比較的方法，尋找不一致的序列（Pair Reads）和覆蓋斷點(diǎn)的序列（/Split Reads）來識別融合事件。

②基于剪接比對方法，首先組裝新的轉(zhuǎn)錄本，然后與基因組進(jìn)行比較，以鑒定與染色體重排一致的融合轉(zhuǎn)錄本[3]。

Brian J，Dobin，Bo Li，等。 基于讀取和從頭開始。 生物學(xué)，2019，20（1）：213。

基于轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)鑒定的基因融合的優(yōu)點(diǎn)是它們是可表達(dá)的基因融合。 缺點(diǎn)是不能完全確定是基因組變異引起的還是兩個(gè)不同基因轉(zhuǎn)錄后發(fā)生的RNA融合引起的。

基因融合分析軟件整理

對于軟件應(yīng)用，詳細(xì)請參閱軟件使用說明。

基于DNA檢測融合軟件

軟件：

Git :-/: 基因和

文獻(xiàn):: DNA 數(shù)據(jù)中的基因 - (nih.gov)

軟件：LUMPY

Git： - arq5x/lumpy-sv：lumpy：a for

文獻(xiàn)：LUMPY：a for | | 全文 (.com)

軟件：黛麗

Git : - /delly: : by-end 和 split-read

文獻(xiàn)：DELLY：by-end 和 split-read | | (oup.com)

軟件：

git：

文獻(xiàn):: a for the at | | (oup.com)

基于RNA檢測融合軟件

基因：RNA-Seq 數(shù)據(jù) (.org)

1.：

2.：

3.：

4.：

5.：

6.：

7.：

8.機(jī)房空調(diào)：

9.：

10.：

11.：

12.：

13.：

14.:+html

15.：

16.：

17.：

18.：

19.：

20. 國內(nèi)流離失所者-：

21. i保險(xiǎn)絲：

22。 ：

23。 ：

24. 雅法：

25.：

26.：

27.莫喬

28.n保險(xiǎn)絲：

29.：

30.普拉達(dá)：

31.：

32.-FTD：

33.：

34.：

35.明星：

36.星-：

37.-：

38.特魯普：

39.：

基于全基因組和轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)的檢測融合

軟件：

Git:/Wiki/Home (.net)

文獻(xiàn)：：使用整體和數(shù)據(jù)的基因 - (nih.gov)

基于單細(xì)胞

軟件：

單細(xì)胞基因融合檢測算法

git：-/

文獻(xiàn)：-細(xì)胞基因|

備注：子刊 | 北京大學(xué)奚瑞斌課題組研發(fā)首個(gè)單細(xì)胞基因融合檢測算法——SEQ.CN (.cn)

如有侵權(quán)請聯(lián)系刪除！