在之前的文章《》中，我介紹了一個(gè)好用的在線蛋白質(zhì)序列展示工具，它可以在展示蛋白質(zhì)序列的同時(shí)展示蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)。 如果它是核苷酸序列或者沒有可用的二級(jí)結(jié)構(gòu)文件怎么辦？ 明天給大家介紹一下如何使用該軟件導(dǎo)入序列對(duì)比圖片。

序列加載和對(duì)齊

它可用于核苷酸和蛋白質(zhì)的多序列比對(duì)。 為了方便比較，本文中比對(duì)所用的序列與“”相同。

首先，將要對(duì)齊的序列加載到不同的通道中。 本文將之前的“l(fā)ala.aln”文件中的多個(gè)序列一次加載到多個(gè)通道中。 其技巧如右圖所示（其實(shí)你也可以將單個(gè)序列文件逐個(gè)加載到通道中）。 請(qǐng)注意，打開文件的格式應(yīng)更改為“”，單擊“否”將加載蛋白質(zhì)序列。

接下來，對(duì)導(dǎo)出的序列進(jìn)行多序列比對(duì)。 方法如右圖所示，所有參數(shù)保持默認(rèn)，點(diǎn)擊“下一步”即可。

比較后的最終結(jié)果如右圖所示：

色彩調(diào)整

接下來，自定義每個(gè)序列顯示的“字母”數(shù)量和著色方案。 點(diǎn)擊進(jìn)入調(diào)整面板，調(diào)整每行序列顯示的“字母”數(shù)量（右圖藍(lán)色線框），并修改字體。 本文保留默認(rèn)值，每行顯示 40 個(gè)多肽殘基。

接下來，根據(jù)序列的相似程度對(duì)序列進(jìn)行著色。 點(diǎn)擊“色塊”，進(jìn)入自定義顏色窗口。 這里我選擇了類似的更亮更亮的顏色。 事實(shí)上，您還可以添加并使用您喜歡的顏色，如右圖所示。

圖片導(dǎo)入

修改顏色后，即可導(dǎo)入圖像。 導(dǎo)入圖片有兩種方式，見右圖，但只能導(dǎo)入emf格式的矢量圖形。

關(guān)于emf格式，在《》一文中專門做了介紹，emf格式可以直接在Word和PPT中使用。 以下是導(dǎo)入的序列圖片在PPT中的顯示效果（裁剪后）：

概括

它可用于顯示核苷酸和蛋白質(zhì)序列的比較。 雖然療效不是很好看，但是通過修改字體和配色也可以輸出高質(zhì)量的序列圖。 這里補(bǔ)充一下，《》中也提到dnastar序列比對(duì)，（PPT）是用來轉(zhuǎn)換emf圖像格式的，PPT中保存的JPG格式圖像質(zhì)量不好。 建議將整個(gè)幻影kt板另存為PDF。 （AI）并且可以打開和編輯emf圖片dnastar序列比對(duì)，就這張圖片而言，效果不是很好

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