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干貨 | 一款超好用的 DNA 序列比對軟件

發(fā)布時間:2023-07-29

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對于每個進入生物學領域的人來說,分子克隆基本上是不可避免的。 事實上,需要一款功能強大的DNA比對軟件。 明天強烈推薦給大家一款DNA比對軟件:

猿類 (一)

這個軟件除了DNA序列比對和DNA序列翻譯之外,還可以做質粒設計、酶切位點設計、引物圖譜制作(這個還是比較有用的,但是他們要收費的)、ORF搜索等等實用的功能,讓我詳細介紹一下這些常用的功能。

1. DNA序列比對

在對話框中粘貼序列,工具欄有一個反向互補工具,圖標是一個單向箭頭,在反向排序時可用。 創(chuàng)建另一個文件dnastar序列比對,粘貼所需的序列并進行比較:

在“工具”中選擇“”以執(zhí)行配對序列比對。 結果一目了然,并用黑色清晰標記。 雙擊想要查看的位置即可進入對話框,可以輕松找到突變的位置。

2. 翻譯DNA序列

選擇要翻譯的序列,ctrl+T即可將DNA序列翻譯成蛋白質序列,還可以設計每行的長度和蛋白質縮寫的形式。

3. 質粒設計

輸入序列,在Tools中找到find,會彈出一個對話框,包括厚度、Tm值、GC濃度、、二級結構等參數(shù)dnastar序列比對,可以自己設計。

4. 限制位點設計

在進行分子克隆時,將片段插入引物的常用方法是通過酶消化連接。 這時就需要考慮哪些酶切位點適合目標片段。

同樣在輸入序列后,點擊選擇或者快捷鍵ctrl+E,會彈出常用酶的限制性內切酶列表。 點擊酶標記所需的內切酶,雙擊酶名稱,彈出該酶的酶切位點信息。

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5.ORF搜索

用鍵盤點擊序列的任意位置,然后向前()搜索ORF序列或者從該位置向前(Find),點擊,軟件就會給出搜索的結果。

APE Tools中的功能非常多,例如引物圖譜創(chuàng)建、sgRNA設計、Gate等強大的設計功能,滿足了實驗室的大部分常規(guī)使用,您可以根據(jù)自己的需求進行學習。

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這個軟件對于剛開始學習分子克隆的人來說真的很友好,快來下載試試吧~

軟件下載鏈接:

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