今天想寫一篇關(guān)于載體構(gòu)建的文章，每次寫之前我都會去各個(gè)微信公眾號看看自己想寫的話題有沒有在公眾號里寫過，有多少相關(guān)文章。瀏覽之后發(fā)現(xiàn)文章里有很多用于載體構(gòu)建和引物設(shè)計(jì)的分子生物學(xué)軟件，比如5.0、Oligo 6.0、3.0、NTI等。至于哪個(gè)最方便，最好用，并沒有絕對的答案。

簡單說一下PCR引物設(shè)計(jì)：

1.5、Oligo 6.0、3.0可能是最好的，因?yàn)樗梢詸z測引物錯(cuò)配和引物Tm值，但是對于我們擴(kuò)增固定序列來說不是那么方便，因?yàn)槲覀冃枰业叫蛄械拈_始和結(jié)束。

2、是專門針對DNA分析而設(shè)計(jì)的生物軟件，該軟件在國際上享有盛譽(yù)，不僅名氣大，功能也強(qiáng)大，主要由7個(gè)模塊組成，主要用于DNA和蛋白質(zhì)序列分析、重疊組剪接和基因工程管理dnastar拼接序列，幫助用戶實(shí)現(xiàn)DNA生物分析，支持蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析，里面的組合，還可以設(shè)計(jì)良好的PCR引物。

3、NTI軟件包含豐富的模塊，可以滿足不同生物學(xué)研究者和學(xué)習(xí)者的需求。NTI 11可以對DNA、限制性內(nèi)切酶、引物分析、蛋白質(zhì)等生物數(shù)據(jù)進(jìn)行細(xì)致的模擬和進(jìn)化分析，可以有效細(xì)致地分析各種生物元素。當(dāng)然，還可以設(shè)計(jì)PCR引物。

4.本軟件旨在提供最快、最簡單的方法來規(guī)劃、可視化和記錄您的分子生物學(xué)方法。它支持對限制性位點(diǎn)、標(biāo)簽、啟動子、終止子和復(fù)制子等質(zhì)粒元件的分析，并生成詳細(xì)的DNA序列文件。它非常實(shí)用，可以在軟件中完成所有克隆，優(yōu)化和改進(jìn)您的策略，快速創(chuàng)建質(zhì)粒圖譜，并提供優(yōu)雅且信息豐富的窗口來模擬各種常見的克隆和PCR方法。它節(jié)省了大量的時(shí)間和金錢，易于操作的可視化和模擬，提前預(yù)測可能的錯(cuò)誤，并提醒用戶進(jìn)行改進(jìn)。在整個(gè)過程中，每個(gè)操作都會自動記錄，以便用戶可以清晰準(zhǔn)確地看到您的所有操作dnastar拼接序列，并可以通過.dna文件與同事共享豐富的注釋圖譜和序列，并按名稱、長度、顏色、結(jié)合位點(diǎn)、方向性或熔化溫度對雜交引物列表進(jìn)行排序。

介紹完了好像最好，字?jǐn)?shù)最多，也是最后介紹的。但是我想說的是，在復(fù)雜序列的PCR引物設(shè)計(jì)上，可能還不夠。根據(jù)我的經(jīng)驗(yàn)，組合可以設(shè)計(jì)出更好的引物，特別是在特異性方面。因?yàn)樗梢院芎玫胤治鲂蛄袃?nèi)部的重復(fù)結(jié)構(gòu)。

隨后我在微信公眾號里搜索相關(guān)文章，找到了幾個(gè)在線引物設(shè)計(jì)和質(zhì)粒構(gòu)建的網(wǎng)站，分別是諾禾致源、全世金生物科技、寶生物科技。從微信文章的介紹來看，諾禾致源的軟件很不錯(cuò)，打開軟件后驚喜地發(fā)現(xiàn)它有不少功能（如下圖）：

1. 入門引物設(shè)計(jì)；

2. 單片段克隆（二）引物設(shè)計(jì)；

3. 多片段克隆的引物設(shè)計(jì)（ ）；

4.單點(diǎn)突變（II）引物設(shè)計(jì)；

5. 雙重/多重突變（II/）引物設(shè)計(jì)；

6. 重組反應(yīng)中所用DNA量的計(jì)算程序；

7.DNA序列處理工具；

8.引物Tm值計(jì)算工具。

有興趣的老師可以嘗試一下的這款軟件，今天介紹的幾款軟件中，NTI功能最全面，因?yàn)楣δ芴?，很久沒有跟大家分享它們的使用方法了，我只用了其中很小一部分，還在學(xué)習(xí)中，希望通過系統(tǒng)的學(xué)習(xí)，給大家最全面的介紹這兩款軟件的使用方法。

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